华严寺位于南京安德门外小行的华严村。始建于南朝梁代。据陈作霖《南朝佛寺志》记载：梁时，该寺有长爪禅师，能为人说法。时人谢贞家遭变故，家人及宾客皆惊惧不安，谢贞遂去华严寺请长爪禅师为之说法，以安人心。

　　此后多年，未见有关华严寺的记载。明代永乐十九年(1421年)，南京城南的碧峰禅寺住持佛妙，打听到江宁县安德乡有古迹华严禅寺，因年代久远，早已圯废，但基址尚存，遂募化重建塔院，并奏请永乐皇帝赐额“华严寺”。

　　重建后的华严寺占地20亩，寺内主要建筑有山门一座，金刚殿、观音殿、天王殴、伽蓝殿各三楹，大雄宝殿五楹和僧院七房。佛妙又在寺内建筑石塔一座。宣德四年(1429年)十二月，佛妙圆寂，享年80岁，即葬人他在华严寺内所造的石塔之中。明正统十一年(1447年)，寺僧对华严寺加以扩建，更加富丽堂皇，明礼部尚书胡荧为之立碑纪事。

明朝末年，华严寺又日渐破败。《金陵梵刹志》记其“殿宇多颓，寺僧俱以栽花植果而为佛事”，可见香火冷落，寂寂无闻了。1982年，南京市开展文物普查时，在古华严寺遗址发现了“敕赐华严禅寺碑”、龟趺、石莲花须弥座、石柱础、石柱以及石井栏等遗物，还发现“官断华严寺庙产不准典卖碑”残碑一通，均加以妥善保护。