原名万寿寺，别称宝华教寺，俗称大庙。南宋嘉定年间（1208～1224年），僧永安在官场（今大场附近）改建后名真如院，取佛经《成唯识论》中“真实”“如常”之义。元延佑七年（1320年），僧妙心移至今址（后山门5号），请额改名真如寺。

　　明清期间，在该寺正殿四周又陆续兴建了许多偏殿楼阁：东庑有送子观音殿、伽蓝殿；西庑有十王殿、痘司殿；寺东有东岳行宫、忠显王殿；寺西有城隍行宫、地藏殿；寺前有韦驮殿、鄂王殿、鲁班殿、财神殿、北方殿；寺后有大悲阁、文昌阁、西方境等，形成规模颇大的寺庙建筑群。该寺正殿曾历经修葺，明洪武年间及弘治年间，僧道馨、法雷2次重修。清光绪二十年（1894年）又由真如镇米商杨氏发起，同上海寿圣庵僧念岸、念伦募钱1.5万缗（千文），将单檐3间改成双檐5间，原梁架等主体结构仍保留元代款式，两侧楹联：东为“佛日光辉崇盛世群生咸悟真如”，西为“皇风祥辑衍遐龄万姓同跻仁寿”。该寺韦驮殿，据洪复章《真如里志》载：“元至顺三年，平江路嘉定州僧嗣文创建，明正德八年僧法雷重建。清干隆三年里人陆伟功重修，干隆四十年陆伟功、陆茂功捐资同修。”殿内着名的铜弥勒佛系明代所制，铜佛背后镌有“明乙酉年住山比丘回闻募铸。”太平天国及抗日战争时期，几经战火，配殿及附属建筑大多被毁，仅存长、宽各20米的正殿（大雄宝殿）1座。

　　解放后，正殿独存，殿内释迦牟尼佛像和寺前原韦驮殿的铜弥勒佛尚在。1950年10月，市政府曾拨款维修正殿佛像，并将钢弥勒佛设栏保护。1959年5月，被定为市级文物保护单位。1963年重修，正殿仍恢复元代单檐式样。“文化大革命”中，殿内檀木释迦牟尼等佛像和铜弥勒佛被毁，许多珍贵碑刻文物被砸。

　　1979年，真如寺进行维修，正殿内额枋底部仍保留“ 大元岁次庚申延佑七年癸未季夏月己巳二十乙日巽时鼎建”双钩阴刻墨字，为该寺建造年代的佐证。江南地区现存的元代建筑物极少，除真如寺外，仅有苏州三清殿，吴县轩辕宫和金华天宁寺3处。真如大殿共有木柱16根，每根木柱的地基，用黄土和铁渣分层夯筑而成，阔1.8米，长3米，深1.8～2米；各柱地基，以木相连，为古建筑所罕见，是宋元建筑的重要特征。在历次重修时，还发现柱子、梁枋、斗拱等各项构件的背面及接榫处，留有当时工匠用毛笔墨书的名称，多为江南工匠的习用俗语，有研究价值。为此，有关部门拟辟为古建筑展览馆，长期不作宗教场所开放。

　　1991年后，为满足佛教徒活动需要，将真如寺恢复为宗教场所，成立真如寺修复委员会，全国佛教协会副会长明旸法师任名誉主任，市佛教协会会长真禅法师为主任。修复后的真如寺除大雄宝殿外，还兴建了卧佛殿、方丈室、后院、内院、外院、两廊、办公室等，面积由原来的800多平方米扩大到2000多平方米。1992年1月初，由新加坡法师林高僧性仁捐赠的3尊玉佛及一些经书，入寺供藏。其中释迦牟尼佛卧像长2.7米、重1.3吨，2尊坐像分别高2.2米和0.8米、重2.5吨和0.1吨。