云林寺是崇明岛最古老的寺院， 始建于清朝顺治年间， 距今已有三百多年的历史，干隆皇帝曾为本寺题过一个“福”字。

三百多年来， 云林寺高僧辈出， 其中颇具盛名的有善福法师， 整觉法师， 悟空法师，智圆法师， 了道大师， 正守法师等。尤为突出的是了道大师， 他是净宗十三祖印光法师的得意弟子， 圆寂于1947年。 他生前多次到祖国和海外各地讲经说法， 其弟子不下数万人。了道大师是崇明岛、启东市、海门市三地净土宗的创始人， 故云林寺被称为崇明岛的佛教发源地。

　　云林寺被毁于1958年大跃进年代， 因开河道， 寺院被拆大半。 文革期间， 寺院彻底被毁， 被改成橡胶厂。

　　1986年崇明县民宗办批准重建， 恢复云林寺古道场。 但是， 十几年来， 寺内所有佛像还是座落于厂房之中， 也没有察房与僧房。

　　2002年3月崇明民宗办、佛教协会委任玄能法师为监院， 全寺上下团结， 齐心协力，兴建古道场， 在不到一年的时间里，成功举办五次法会， 平时佛事接连不断， 寺院蒸蒸日上；在不到一年的时间里， 建造了察房， 可住香客三百余人。 今年开始筹建崇明岛一流的大雄宝殿， 接着还要建造天王殿， 钟鼓楼， 九龙壁等等， 重现云林寺的灿烂辉煌， 使祖师开创的净土法门得以发扬广大。