云峰寺始建于唐，兴盛了600多年，到元朝初年，由于四川居民坚决抵抗元军入侵，元始祖忽必烈对川人切齿痛恨，入川后大加焚烧杀戮，造成云峰寺被焚，僧俗流亡。到了明朝，战乱渐息，云峰寺内为数不多的贫僧八方化缘，开始修复寺庙。寺庙扩建工程有过两次高潮，一次是明朝中叶，另一次是清乾隆至道光年间。第二次修复扩建共持续了一百一十多年，扩建规模特别宏大，声势超过了历史上任何一次。云峰寺有名的“摇亭碑动”记载了此次修复扩建情况。纵观云峰寺上千年的历史，正可谓“始建于唐、兵毁于元、重修于明、续修于清”。
   

云峰寺有着深厚的文化内涵，它是西蜀有名的禅宗道场，历史悠久，建筑宏伟，独具特色，“福、禄、寿、喜、忠、孝、礼、义”等“儒、佛、道”中国三种传统文化巧妙融合于建筑结构中，被称为“西蜀名刹”、“严道奇观”。同时，云峰寺景区还具有良好的生态自然环境和便捷的交通设施。古寺三面环山，左“青龙”、右“白虎”，背倚马耳双峰，旁临九龙溪泉，植被充足，四周桢楠、银杏、古杉、紫荆、黄桷楠等古木参天，阴翳蔽日，空气清新，环境幽静，是难得的旅游观光胜地，是峨眉山的姊妹山瓦屋山风景系列旅游区的第二站。在一千多年的历史变迁中，云峰寺的发展除了在极少的时间内受兵祸中断衰退，大多数时间都香火旺盛，它的生存发展已成为一个社会的缩影，可以说一部云峰寺的历史就折射了荥经数千年的历史。至今，云峰寺在整个川西佛教界和荥经的社会生活中仍有着广泛的影响，在整个荥经历史中也有着举足轻重的地位。每年云峰寺正月初九和六月十九的传统庙会已成为荥经人生活的一项重要内容。历史上诸多名士、文人墨客也在此留有足迹，名士黄云鹄、画家张大千、红军将领罗炳辉、许世友、原西康省主席刘文辉等均曾至此。