翁甲寺原为本波教寺院。传说莲花生大师的一位亲传弟子名叫释迦了真的到翁甲后，改建为宁玛派。因该寺四周的岸壁上有自然形成的108个“翁”字（佛六字真言中的第一字）而得名为“翁甲寺”，即百字翁寺的意思。该寺殿堂僧舍随自然形成的岩洞依崖而居。寺院周围有很多天然形成的奇石异山。相传这里有开启藏区108处圣地门户的金钥匙。人们只有先到这里取得金钥匙后，再到其它宗教圣地朝拜愿方能灵验。