杭州永福寺位于灵隐之西约一华里处的石笋峰下，自东晋慧理禅师开山至今，已有1600多年的历史。据清康熙年间《杭州府志》卷三十二《寺观》载，永福寺座落于飞来峰呼猿洞对面的形胜山下，旧分上下两寺，与下天竺（旧称翻经院）等寺一样，同为慧理禅师开山创建。据载，东晋咸和元年（362年），西印度高僧慧理来杭卓锡筑庵，接连兴建了灵鹫，灵隐等十座道场，永福寺是其中之一，距今已有1600多年的历史。

　　南朝刘宋元嘉年间（公元424—453年），有慧琳禅师继慧理开山后筑庵于石笋峰下。

　　后晋天福二年（937年），吴越王钱元瓘于石笋峰下建晋圆院，又与山同名为资严寺。

　　北宋大中祥符元年（1008年），敕改额为永福寺。

　　北宋熙宁年间（1068—1077），郡守祖无择爱石笋之胜，乃于寺旁建庵，名邺公庵。

　　北宋时期，永福寺内方丈四壁多有赵阅道、苏东坡、秦少游等人的留题与竹画。

　　南宋咸亨年间（1265—1274），宋度宗之母隆国夫人据永福寺为香火院，并斥资扩建，宏规巧构，丹矆相辉，碧光琉璃瓦覆盖于顶。逝后以寺超然台为葬，移寺于西，自此一寺两院。

　　元至元年间（1335—1340），清凉山僧人正宗卓锡东院，因其常衣白衲，人称白衲庵。

　　明成化二年（1466），僧人古香于上院建海日楼。后于弘治年间（1488—1505），寺被洪水淹废。

　　明万历年间（1572—1620），寺得复兴，由徐宏基题额为“永福禅林”。

　　清顺治年间（1644—1661），僧静昭驻锡复兴。

　　清康熙十年（1671），东皋心越禅师移住永福，五年后，应邀东渡日本，弘传曹洞宗并创寿昌派禅法，同时传授琴学与书画篆刻艺术，在日本佛教及艺术界均享有盛誉。永福寺随后渐废。

　　清干隆四十四年（1779）年，永福寺依原有规模重建，后又渐废。

　　二00一年根据杭州市政府90号专题会议纪要精神，由杭州市佛教协会恢复重建并于二00三六月正式动工。

　　二00三年，根据杭州市佛教协会三届四十七次常务理事会通过，由月真法师任永福寺监院。

二00五四月二十二日，经浙江省民宗委批准，恢复永福寺为宗教活动场所，即将正式对外开放。